El Consejo Directivo del Instituto de Investigación en Ciencias Básicas y Aplicadas está conformado por los directores de cada uno de los cuatro Centros de Investigación que lo conforman, así como por la Secretaría ejecutiva del Instituto.
El Consejo Directivo será presidido en forma rotatoria por el Director de mayor antigüedad y tendrá un año de duración. Actualmente el Consejo Directivo se integra por: